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第二天刘锡彤再度逼问，小白菜起先仍说不知道。
于是，差役一连三根拶子夹住她的手指，痛彻心扉。小白菜熬刑不过，只得按阮金桂的话招供。
刘锡彤获口供后，立即传讯杨乃武。
在古代中国，考上了举人就是天子的门生，不得动刑，所以刘锡彤不能像拷打小白菜那样那待杨乃武，因而也没有得到杨乃武认罪的招供。同时，杨乃武的亲友詹善政、杨恭治等人也出具书面材料，证明10月5日杨乃武在南乡为岳母除灵，并不在本地。
为了能够对杨乃武动刑，刘锡彤写了一份请求朝迁革除杨乃武举人身份的报告。这份报告后来由同治皇帝做出同意的批复。
刘锡彤认为案情已经明朗，就向杭州知府陈鲁作了报告。
由于杨乃武还没有招供，陈鲁要求将犯人和案卷解往杭州府复审。移交卷宗时，刘锡彤把原告陈述的“死者口鼻流血”照验尸报告改为“七孔流血”，在验尸报告上添加验尸银针用皂角水擦洗过的字样，并将小白菜所供的“10月5日”改为“10月3日”。
陈鲁是一个军人，本来就对读书人没有好感，又听说了杨乃武经常帮别人打官司，还写诗讽刺地方官员，这些都妨碍了他仔细审查案情。由于这时杨乃武的举人身份已经被某除，陈鲁在审讯一开始就严刑逼拷。清代用刑，女人能常用拶子夹手指，男人则用夹棍夹大脚。一连几堂夹棍，杨乃武多次昏死过去，最后只得招供认罪。当问及砒霜来源时，他记起仓前有一家爱仁堂药店，随口编造说在区店老板钱宝生那里购买了40文红砒。
陈鲁要刘锡彤取得钱宝卖药给杨乃武的证明。
刘锡彤担心钱宝生不肯对质和出具证明，便请人写信告诉他，说在不知情的情况下出卖毒药并不构成犯罪。钱宝生被传到县里，没有承认卖砒霜的事，因为他的小药店从不进砒霜，近来也不曾见过杨乃武。况且他也不叫钱宝生，而叫钱坦。后来刘锡彤的师爷陈竹山又来劝说，说县衙将会出具书面文件，保证他无需与杨乃武对质，同时威胁说，如果不出证明，将会有无尽的麻烦。
胆小的钱坦一时糊涂，写下了曾经卖砒霜给杨乃武的证明。
有了两位案犯的口供和“陈宝生”出卖砒霜的证明，陈鲁依据《大清律例》宣布了“杨乃武斩立决，小白菜凌迟处死”的判决，并于11月6日上报浙江按察使司。
按察使蒯贺荪看了审讯记录和供词后觉得有可疑之处。他和杨乃武一样是举人，在他看来，一个举人有美好的前程，要得到三妻四妾和美貌女子都不是难事，完全没有必要为了一个女人谋取毒杀人，自毁前程。所以他向刘锡彤询问审案中有没有不正常的情况。但看到刘锡彤拍胸保证，也就不再追究，将案件上报浙江巡抚杨昌浚。
一接到案件，杨昌浚起初也不放心。他派遣候补知县郑锡皋去仓前暗访。郑锡皋将刘锡彤当作暗访对象，就把暗中查访的事告诉了他。刘锡彤担心钱坦会露马脚，甚至推翻先前作的仿证，就派陈竹生前去告诉钱坦应付之策，并告诫他绝不能翻供。
由于刘锡彤的精心策划，郑锡皋做出不存在冤情的结论。
他还因为这件事得到杨昌浚的赏识，被派往黄岩担任正式知县。
得到暗访报告的杨昌浚又组织会审，确定了杭州府的判决，于12月12日上报朝廷。
这样，只要通过“秋审”，判决将被执行。
审判宣布后，杨家陷入巨大的悲愤中。
因为中古代女子不宜直接到衙门申诉，所以必须以孩子的名义，叫“抱告”，所以，杨乃武的妻子詹彩凤带着儿子荣绪到杭州的各衙门喊冤，但没有引起重视。姐姐杨菊贞也为拯救弟弟的生命四处奔波，收集证据。父母去世后，她就像母亲一样抚养和照料杨乃武，深信以他的品行，不可能做出这种事。
当她在调查中得知葛母前后口供不一，爱仁堂并无出售砒霜和杨乃武未去过小白菜家的事实，看到了一线希望，决定上京申冤。
她到狱中说明服杨乃武亲写诉状。
杨乃武不相信会有转机，但在姐姐和狱友的劝说下，跌在地上写下了自已屈打成招的申诉材料。杨乃武有很好的文采，又熟悉诉论，所以诉状写得很有说明力。
可是在那个封建王朝统治时期，平民越级告官是要“滚钉板”的。
杨菊贞身背用黄纸写的冤状“黄榜”来到北京，向都察院递交申诉材料，可是都察院的“滚钉板”更加厉害，为弟弟鸣冤叫屈，尽管鲜血淋淋，尽管弄得皮开肉绽，杨菊花义无反顾。
都察院接受呈词后，将杨菊贞一行递解回家，同时下交给浙江巡抚，要求对案件做出复审……
任漪蘋才说到这里，杨乃武和小白菜的故事还没讲完，就有人来敲门了。
开门一看，是余文琴。
三个人愣了一下，余文琴解释到：“我正好有事到市局，办完事就来找你们了。好难找啊，我问了许多人都不知道小林在哪里，后来我说我找任漪蘋，才有人告诉我在档案处。”
林德明一看下班的时间也快到了，马上对余文琴说：“臧云芳，我们和余文琴一起到隔壁的资料室聊聊，这儿让任漪蘋收拾一下，也好准备下班了。”
这也是林德明的老道之处，不多解释。
因为这儿是专案组的办公处，余文琴是不可以进来的。
可是如果多解释，反而会引起过多注意，好在就要下班了，到隔壁闲聊一会儿也不错。
臧云芳会意，马上和林德明一起走出办公室，去隔壁的资料室。