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出暖阁，内阁方从哲等人已在乾清宫外恭候多时，因为军机处和内阁分理军政，互不干扰，所以孙承宗欲识趣告退。
朱由校知道他们为何而来，出言制止道，“今日所议之事干系重大，孙师傅留下帮朕参详参详。”
孙承宗见天子并不避讳自己，有一丝触动，安静的并内阁四位大佬留在殿内，恭敬的看着朱由校走向设在殿中的宝座。
“朕信赖之辅臣难得共聚一堂，就叶向高所请之事，先议一议吧。”
原来，自《京报》创刊号中的《私开书院讲学=谋逆》一文广为流传以来，便持续发酵，会极门每天收到的在京官员及通政司转来的各地上书少则五六十，多则上百，积累到现在已有上千封。其内容大同小异，都要求严惩撰文者钱象坤，称其祸乱朝纲，居心叵测，并要求停刊、严惩幕后指使。
内阁为此也争论不已，方从哲、孙如游赞成严禁书院、，韩爌、刘一燝反对称‘官学衰微，书院为辅，名士弦诵其间，而风教始著，应扶持，以振作鼓舞天下士气’。
朱由校在获知赋闲在老家福建福清的叶向高（1608-1614为首辅）不远千里上书后，便知道自己拿书院带刀有些过早，有些懊悔。
叶向高在上书中称‘自国初设科罗才，虽取词章，而学宫功令载在卧碑者，一本于德兴，至以明伦额其堂，其大指与三代同，而末流之弊，逐功利而迷本真，乃反甚于汉唐。圣贤所以教人之法具存于经，贤士大夫欲起而维之，不得不复修濂洛关闽之余业，书院讲会使好学之士可质疑问难，使人知所自往，岂谓谋逆耶’。
（濂洛关闽：濂指周敦颐的理学、洛指程颐的洛学、关指张载的关学、闽指朱熹的闽学。）
朱由校没想到一篇文章引起朝野如此大的反响，于是专门同各部了解当下的教育状况。
明代因‘科举必由学校’，科举制度也很完善，故教育受到重视。学校按照性质可分为官学、社学、私学和书院；按内容又分为儒学、武学（属兵部）、医学（属太医院）、阴阳学。
官学教授朱程理学，按地域可分为两京的国子监（有太学，但文献中常混为一谈，存疑）、内书堂（教育年幼内侍，属司礼监）、宗学（教育宗室子弟，设在各地王府），地方又有府、州、县、卫、都司、土司等学校。此外，还有教育孔、颜、孟、曾氏（曾氏为万历十五年所加）圣人子孙的四氏学。
社学即为朝廷‘为训童蒙’准民间兴办的半官方性质的小学。如规定‘乡里凡三十五家皆立一社学，以生员、儒士为师，凡愿读书者，尽得预焉’。社学因是州府县学的预备学校，所以朝廷教重视，在成化年间杨继宗在嘉兴任知府时，更是规定‘民间子弟八岁不就学者，罚其父兄’。
私学按照性质可分为启蒙及高级研修，启蒙的私学有义学、乡塾、私塾、家塾等名目；研修的私学多由名儒执教，如吴与弼、陈献章和陆树声（袁可立、董其昌的授业恩师）收徒都属私学。
正如叶向高疏中所言，科举的应试教育使得读书人思维禁锢，只知追逐功名，使得教育失去本来意义而成为科举的附庸，所以有识之士为挽救这一弊政而创立了书院。
书院通常为官民请旨所创，财务（收入来自荒地、捐献地等学田收入）、人事、招生皆不归朝廷管辖，他的兴盛与明中叶官学称为科举的附庸（正德之后，‘国学之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。’）之外，还与心学的传播密切相关。
终明一代，全国书院有大小1200余所，以江西（287所）、浙江（199所）、广东（156所）、河南（112所）为众，其中民办184所，占15%；官办（包括地方官、督抚、京官等）828所，占60%以上；此外还有家族书院等。
书院按性质可分为考课、祭祀、武学教习式、聚徒及讲会式书院，其余不论，只探求时下最重要的后两种书院。
讲会即为在某场所如期举行的讲学活动，届时，各地学着聚集，会后便散去，是临时性的学术讨论。因其有相互探讨、质疑问难的优点，受到读书人的大力追捧，有的更是不远千里参与。如王阳明的门徒徐阶就曾在灵济宫开讲，参与的官员、士人多达五千之众。
于是，各学派为招收门徒，便以此传播各自的学术观点，便广建书院，如宋朝时朱程理学（白鹿洞、岳麓书院），明朝的王明阳（会稽山书院）、湛若水（云谷、大科等书院）的心学便为聚徒书院。
朱程理学至嘉靖，‘且数百年矣，诸廉洛之微言大义既绝，乃言理烂然，即童子谙之’，与之相反，王阳明、湛若水各创的心学倒颇受推崇。
但实物都有两面性，因王湛心学的门徒对师说理解不一，相互纷争，更有甚者徒尚空谈，‘守仁倡良知为学者，久益敝…有以纵恣为自然者’，‘士之浮诞不逞’。
为遏止这种‘矫诬不学，任性自适’的不良士风，东林学派应时而生，他们抨击心学不务实学的空疏，希图重塑朱程理学，提倡实学。
顾宪成重新修葺东林书院后，为其撰写的名联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事在心”说出了读书人心声，所以‘朝士慕其风者，多遥相应和’。
东林书院的实学以时政为讲学教材，在讲习之余，招四方游士与相讲论，公议朝政得失，裁量人物。
渐渐的，这种讲会便跳出了学术范畴、脱离书院形制，接近社会演讲，加上参与讲会的大儒不时出仕，居官论政，使得东林可遥制朝权、挟制边镇、把持地方有司，从机密重权到诉讼小事，无不干预。
……
聪明如你一定能看出这便是‘非法集会’，不言而喻，这种书院带有明显的政治倾向，去求学者也有希图博取讲官的赏识，达到高中或加官进爵的功利目的。
禁毁书院在这之前有两次，一在嘉靖十七年，一在万历七年，但因书院有讨论学术、传播思想的本质，两次都不彻底。
这还是因为当下没有正式的表达民意的议政机关，书院便自然而然的代行职权，以期制造舆论，干涉朝政。
朱由校深知，无论谁最后执政，这种以政治为目的的讲会都将被禁止，而科举改革、思想的进步却非一蹴而就，所以要将书院区分对待。
…
刘一燝、韩爌等在大殿细数书院的各种好处，将孙如游、方从哲问的几乎哑口无言，朱由校看着他们唇枪舌战，不由莞尔。
孙承宗看不过眼，代为解释道，“世庙曾下旨‘书院应创建者，必须请旨，教官生员悉令于本处肄业，不许刊刻书籍、刷印送人，糜费民财’，故《京报》所载并无错误，朝野众人夸大其词。”
韩爌和孙承宗差不多年纪，甚为不服，“孙军机此言大谬，天下所创书院皆为官民所赠田产，并未耗费朝廷一粒米麦，何来靡费之说？课业所教不过儒家经典，讲会所议皆为时政，又何来谋逆之说。”
“够了。”朱由校对他们相互偷换概念的‘廷辩’兴致缺缺，高喊一声后，见几人看向自己才不疾不徐的说道，“不许私创书院乃今日所议之根本，诸位所争偏题甚远。至于谋逆，韩阁下，聚众数落朝政不是谋逆又是为何？”
“皇上，生员不过以探求实事，辨明真伪，并非谋逆。”
“太祖曾定学校禁例，镌刻于卧碑立于明伦堂之左，上有‘军民一切利病，不许生员建言’可否属实？”
“确有此事。”韩爌似乎感觉不妙，他为书院讲话是看重书院的文化传播功用，尚没有看到讲会的实质。
“书院标榜教学明理，亦可算学校，为何不从？”
“……”众人皆沉默以对。
朱由校嘴唇上扬，起身踱步到宝座之前，居高临下的说道，“明诏省直督抚、三司衙门及提学御史，将各地书院之房屋田土皆籍没入官，由吏部拣选贤者通达之士出任山长，率教官生儒将平日所习经书义理，躬身实践。在朝及在野曾任五品以上官员者，严禁到书院讲演，违者除籍为民；无论朝野，凡有聚众讽议朝政者，杀无赦。”
刘一燝率先醒悟，“皇上，这岂非阻塞言路？”
“髯阁下，按祖制，凡在野贤人、有志壮士、质朴农夫、商贾技艺皆可经通政使司具名奏陈民间利病，何来阻塞？任贤荐能、严肃朝廷律令乃内阁及各部本职，岂能任由心怀不轨者聚众指手画脚、蛊惑民心？”
众人相互示之以目，内心皆一个心思：立光庙为储离不开天下士人的声援，今上登极也离不开顾命大臣及东林杨涟及左光斗等人鼎力支持，如今天子此举，不异于‘飞鸟尽，良弓藏’，有卸磨杀驴之嫌。
朱由校也知道书院山长官聘会有瞻徇私情面、滥竽充数、懈怠、外行指导内行等弊端，但这相对于让读书人非法集会，肆意抨击朝政，危及皇权就显得没那么重要了。
好在，朱由校多出几百年常识，知道哪些学科应当鼓励，哪些应当遏止，不会造成学术不兴的现象。