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红警三的游戏剧情的后半段是起义时刻的剧情，在这个剧情里盟军战役仅有的那三个战役分别是伊贺国：传统的终结、大阪：不易谋反的家族和宫古：誓死抵抗的将军。
剧情主要讲的是天皇死去，皇子达朗投降后的发展，第一关是击败拼死反抗的长间晋三，第二关是击败起兵响应的天西贤治，第三关是击败迅速蹿起的抵抗军首领高良，然后顺带着镇压一下准备反抗的皇子达朗。
然后这里面貌似没有白田直美的事情了。
不过现在在林云的影响下皇子连假意投降的机会都没有就直接嗝屁了，在这种情况下，名古屋和大阪这两个挨着的城市里的两大家族基本没有好基友一起飞的可能性。
在旭日这个狭长的岛国上，从下到上分布的大城市基本就是大阪、名古屋、东京和横滨、仙台和札幌。
其中白田家族的驻扎地就位处在北海道岛的札幌市，所以他们想得到光水晶和扩大军阀势力的话就必定会和版图下方高良占据的宫古市以及神罗的仙台市产生冲突。
另一方面大阪和名古屋的天西家族和长间家族也会分出个胜负出来。
两方的胜利者会在剿灭东京的‘叛乱’军阀的同时拼出个你死我活，胜利者将统一旭日。
这基本上是旭日所有势力所一致认定的明朗局势了。
林云当然也从善如流，丝毫不提暴兵碾压之事。
毕竟外面还有个盟军和苏联虎视眈眈，不说那个神选者的事如果自己这边在统一旭日的过程中没表现出多少内耗的话苏联和盟军肯定不会坐视不理。
对外，佐藤家族和岛田家族表现出了联手共同对抗白田家的态度，话说回来当时林云最初听到参谋团队这个意见的时候真心的想到了姬情四射的盟军和苏联，他总有一种岛田和佐藤家也是姬情满满的相爱相杀类型的感觉。
毕竟当他们家族的其他人听到这个消息的时候，别说表现的多抗拒了，他们的态度完全就是种理所当然。
科研团队正在解析消化着苏联和盟军的科技，岛田家族和佐藤家族也在和白田家进行着军事经济的全方位交锋，林云突然间发现好像就自己最没事做的样子。
唉，人生寂寞如雪啊……
林云想着，不禁有了种高处不胜寒之感。
为自己倒了杯茶，林云静静地享受着这难得的放松时间。
然后没过多久，上课铃响了……
林云默默地放下茶杯，站了起来。
有一句话叫做活到老学到老学无止境学海无涯，林云感觉自己现在就很明白这一点了，明明好不容易才摆脱学生身份成为了神选者，明明之前还挥斥方遒弹指间帝国灰飞烟灭……
真的是……回头是岸呢。
林云无语的想着，感觉真心不想扎进复杂晦涩的数学化物理里。
林云承认自己对科学是很有兴趣的，但是那堆复变函数和泛函数实在是有点让人望而却步。
唉，说好的没羞没躁的日子呢？
……
三方阵营里，苏联是第一个投降败北的。
大概在盟军撕毁协定挑起战争半个月之后，苏联便挺受不住被迫的投降了。
而在苏联艰难抵抗的时候，林云也开始加快了统一旭日的步伐。
首先是控制着东京的‘军阀’开始了兼并和联合并对天皇家族的五个守护家族开启战争，再将他们打的一点制造力都发挥不出来了后林云也为自己的小金库增加了一千点的收入，然后便是全面压制着白田家族并且攻占北海道。
基本在苏联投降的时候，整个旭日除了名古屋和大阪，在军事上就全部都处在了林云的控制之下。
然后，就是挥师南征。
基本不费吹灰之力的，支线任务四：统一旭日帝国就被完成了。
在神罗的战争机器运转的时候，林云也在开始着自己痛并快乐着的学习生涯，不得不说虽然苦了点但那样的小日子还是挺充实的。
毕竟如果不学习的话林云真的不知道该干些什么，总不可能天天跟百合子在一起没羞没躁吧？
所以也因此虽然神选系统的兑换里有着无数可以让自己瞬间成为大科学家的东东，林云也没有想过要去用它们，安安心心的跟着安雅安排的学习计划走就是了。
至于克隆人的知识灌输体系是不能用的，因为这种体系灌输的仅仅是记忆，而学习却包括着更多的东西。
这个就像是婴儿即使有着很多关于文字的记忆它也没办法说出来，看到相应的文字也没办法理解它们的含义，听到知道的读音它也没办法认得出是差不多的。（婴儿在英文中是it，翻译过来就是它。）
或者用另一方面说，人回忆到记忆的时候会关联到许多的情感，但是灌输体系灌输过来的记忆却会仅仅是记忆。
……
盟军占领苏联的时候并没有掠夺掉他们的光水晶，因为他们根本就不清楚光水晶是可以被契约的。
毕竟就算光水晶没有被契约，由光水晶制造的克隆军队也可以呼唤它们的投影并且利用它们复制军队，所以真要说起来，盟军和苏联的光水晶主体是不是拥有着契约体都尚未可知。
而且通过对这两个集团的历史研究，林云还更倾向那些愿意把军权交给国家而非家族的契约者们没有为自己留下传承人的可能。
不过虽然苏联的光水晶还存在在那里，但是在盟军无孔不入的监控和镇压下，残存的军队根本没有多少大规模制造军队的可能性。
然后在盟军稳定着苏联局面的同时，也向着旭日发出了投降的最后通牒。
不降，则战！
好吧虽然通牒内容本身是很礼貌很不会节外生枝的，但看着盟军发下来的通牒林云所能看出来的就是这四个字。
唔……就像狂人日记的吃人两字那样吗？
林云无语的想着，看着这封充满着官方气息的通牒他唯一要做的就是让大脑跑会儿火车。