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自从空间折跃技术出现后，人类便进入了星际大航海时代。地球联邦经过千年探索，已经拥有五大星域百颗类地行星，上千亿人口。文明的扩张总是伴随着无尽的杀戮，在强大的武力面前，弱小的种族只有臣服和湮灭两种选择。格罗夫人和库斯卡人能加入地球联邦，不仅是他们能学会人类的语言，还有那与人类一般无二的形态。更多的星际种族彻底消失了，只因为他们和人类在外表上毫无相似处。那时的人类是最骄傲的，他们甚至认为自己是这宇宙中最强大的种族。
过度的傲慢总要付出代价，人类在开辟第六星域时，遇到了一个噩梦般的种族——扎卡虫人。虫族让人类见识到了什么才是真正的战斗种族，它们不需要借助任何科技，仅凭强大的肉体，就能战胜一切。巨型机甲、单兵装甲这些地面作战装备曾经帮助人类占领了一个又一个星球，然而在虫族面前却是那样的不堪一击，人类的星域开拓军只能狼狈地逃回星际母舰。
噩梦并没有结束，身在太空的星际母舰并没有逃过虫族的追杀。就在母舰准备空间折跃，返回第五星域时，扎卡虫人乘坐母巢追到了太空，之后，遮天蔽日的扎卡虫群离开母巢扑向星际母舰。母舰的巨炮虽然可以轻易击毁母巢，但面对这恐怖的虫海，也只能含恨而终。
第六星域开拓队的全军覆没并没有引起联邦政府的足够重视，他们认为，只要放弃第六星域的开发计划，虫族的威胁自然就解除了，虫族没有折跃技术，不可能通过时空锚点进入第五星域。然而，很快，出现在第五星域守备队面前的超级母巢狠狠地打了联邦政府的脸。
不到一年，联邦第五星域三十颗居住行星一大半被扎卡虫族占领，联邦军队节节败退，直到此时，联邦政府才真正感觉到了人类灭绝的危机。因为，第五星域有通向剩余星域的锚点，要是第五星域沦陷，虫族就将入侵其他所有星域，那时，人类就真的是毫无抵抗能力了。于是，联邦开始战争动员，各星域的战争潜力被充分挖掘，兵员和装备源源不断地涌向第五星域，新式的装备也随着对虫族的深入研究被开发出来，人族的抵抗变强，自然让虫族对第五星域的突进速度变缓。
不过，好景不长，没过多久，人类发现，原先和自己交手的那些仅靠肉体的虫族变少了，能喷火的、喷酸的类似坦克飞机的重型虫人出现了，而且，虫族的进攻也不再是一窝蜂似的虫海冲击战术了，步坦协同之类的战术越来越多的被应用。在第五星域每一个人类与虫族交战的星球上，战士们都能清晰感觉到虫族的巨大变化。种种迹象表明，虫族在以惊人的速度进化着，这个恐怖的事实，再一次打击了人类的心灵，现在人类已经在如此艰难的抵抗了，那等到虫族进化的更加强大，我们还有获胜的希望吗？
这个糟糕的发现，开始变成事实，随着虫族进化的完成，人类的抵抗越来越难，原先虫族放缓的进攻速度又变快了，没多久，第五星域超过七成的行星被攻占。联邦政府见大势已去，命令军队全线回缩，集中到卡尔文行星上，准备在这里做最后一搏。
卡尔文行星处在第五星域咽喉位置，一旦沦陷，基本宣告第五星域落败，到时，虫族大军便会长驱直入联邦其他星域，这里是联邦军队最后的机会了。虫族自然不会放弃进攻，就在联邦军队集结完没几天，虫族超级母巢便已经到达卡尔文星外太空。这次，扎卡虫人可以说是全军出动，在地面上的联邦军队看着头顶上虫族落下的密密麻麻的虫巢，内心只剩下绝望。他们还是低估了虫族，它们不仅进化速度快，连繁殖能力都这么强。原先，第五星域面对的虫族数量和现在比，已经相差了数十倍，人类真的要灭绝了！
在虫巢投送卡尔文星的那一刻，战争便已经打响，地面的联邦高空防御部队疯狂地攻击着那些巢穴，然而数量实在太多，很快虫巢便登录卡尔文星，飞蝗似的虫群出现，联邦的装甲步兵在战术机甲的火力支援下，与虫群撞在了一起，这一刻，联邦士兵们只想在死之前，能多少几只虫子。
双方在卡尔文星上杀得难解难分，联邦士兵凭着置之死地而后生的气势，艰难的抗下了数倍于己的扎卡虫人。但是，事物是不以人的意志为转移的，人类的抵抗，终究也只能延缓虫族攻占卡尔文星的速度，除非奇迹的出现，这可能是士兵们此刻最真实的想法。
也许，真的是士兵祈祷的作用，卡尔文星的外太空凭空来了只人类从未见过的舰队。它刚出现，便是一记湮灭打击，将虫族在外太空的超级母巢完全抹除，随即，舰队穿过卡尔文星的大气层，进入双方交战的空域。这新出现的舰队，并没有引起人类的过多关注，地面的虫族已经应付不过来，天空再多出什么，也影响不了战局。不过，这对虫族来说，却是一个大问题，很多战士发现，自那舰队出现在天空的那一刻，这些虫人像是发现了刻骨铭心的仇人一般，仰头朝着对方嘶鸣，给人的感觉，那是一种深入基因的仇恨，不管传承多少代，都要将对方彻底抹除的仇恨。
人类战士不知道发生了什么，不过自然不会放过这个轻松收割的机会，卖力的斩杀着这些不反抗的虫族。天空上的那只舰队也开始做出回应，几艘浮空舰分工明确，高能武器分别扫向天上和地上的虫族，被扫中的虫人纷纷化为焦土。在天空和地面的双重打击之下，缺少了外太空超级母巢的支援，卡尔文星的虫人部队很快便被消灭了。
这一刻，卡尔文星联邦军队才认识到，他们这最后一搏，给自己赢得了喘息的机会，而且，天空中的舰队，虽然不是朋友，但是敌人的敌人，总是有机会合作的嘛。舰队在消灭完虫人之后，并没有就此离开，而是在空中停了一段时间后，其中一艘类似指挥舰向着人族军事基地的方向降落下来，同时，向人族的基地发送对话请求。卡尔文星的最高指挥官巴顿接受了请求，并和对方进行了一次秘密谈话。随后，人类军队收到命令，全军在卡尔文星休整，等待下次命令。
巴顿在那次秘密谈话之后，马上联系了联邦政府，随后，政府最高要员与神秘舰队之间又一次展开了会谈，了解了对方的身份和目的之后，双方进行了激烈的谈判，最终，由巴顿向卡尔文驻军解释了舰队的来历。联邦军队才知道，这支舰队来自亚特兰蒂斯帝国，那是一个很强大的星际国家，他们出现在这里是为了对抗虫族，在之后的行动中，会由这只舰队协助军队解放第五星域沦陷区。接下来，卡尔文星的驻军第一次见到了亚特兰蒂斯人，他们如同传说中的精灵一般，皮肤如雪，眼睛散发光芒，每一个都是俊男靓女。
卡尔文星胜利的消息很快传遍联邦星域，民众士气大振。联邦政府同时还发布了将与外星域文明亚特兰蒂斯帝国展开全面合作，共同抵御虫族入侵的公告，一时间，亚特兰蒂斯人还没出现在联邦民众的视线里，就已经赢得了人民的好感。
其实，亚特兰蒂斯军方的心里恨不得把地球联邦整个抹除掉，帝国与虫族之间的恩怨持续了几万年，本来，帝国在西部星域与亚基虫人的对抗已经很是吃力，结果，不久前，东部星域的巡逻队发回消息，万年前，帝国花费巨大代价制造的东部封锁带出现了防护漏洞。地球联邦的探索队莫名在第六星域建立时空锚点，将封闭在这里的扎卡虫族放了出来的。这样一来，一旦扎卡虫族攻陷地球联邦，它们就可能通过位于地球附近的锚点进攻帝国东部星域。到时候，两只虫族东西夹击之下，即便是强大的帝国也阻挡不了。最终，经过议会讨论，制定了扶持地球联邦抵挡扎卡虫人的计划，为达目的，帝国甚至愿意给地球联邦提供数千项军事三代技术。
至此，亚特兰蒂斯帝国与地球联邦在各自的小算盘下，成立了联盟。在帝国舰队的帮助下，联邦军队收复了一部分失地，等到虫族重新集结起大军后，双方便开始在第五星域展开了拉锯战。这次，在帝国的技术支持下，联邦与扎卡虫人打的有来有回，就这样持续了百年。