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在拥有快速移动的张霖三人帮助下，自由至尊号需要的背挂核弹以及战前由大核融合厂生产的用以启动聚变反应堆的铍振荡器也被弄了回来，而且张霖他们去发光海的战前军事基地里收集核弹时，还顺带把维吉尔博士给带了回来。
“天哪，维吉尔，你怎么变成了这个样子？”在知道被张霖他们带回来的这个戴着眼镜，穿着白大褂的超级变种人是维吉尔博士时，黎博士惊呆了，她之前以为维吉尔要么是逃离了，要么是已经死在了学院的追杀下，却没想到维吉尔变成了这幅摸样，不过相比联邦地区那些凶神恶煞的超级变种人，维吉尔的样子还算好一些。
“没事的，麦迪逊，我已经注射了血清，不用多久就能恢复了，嗯，如果我的血清没有什么问题的话。”维吉尔瓮声瓮气地说到，由于变成超级变种人有一定时间了，他的口齿有些不太清楚，不过话还是挺多的，“我没想到还有机会回到这块土地，我之前还打算在发光海待一段时间后继续向南离开这里的......”
听着维吉尔不断地抱怨着自己变成超变后生活上的各种不便，结果他一说就停不下来，黎博士急忙伸手打断他，“不行，你什么时候成话唠了，是不是病毒对你的脑子影响太厉害了，我得帮你检查一下，喂，英格兰姆，你们的医疗设备在哪？”
“哦，拜托，你是研究机械设备的，什么时候还会医学了？”
黎博士这下有些尴尬了，直接叫人把维吉尔送上普利德温号上，让那个凯德医生给维吉尔好好做一次全身体检，确保这货的血清真能发挥逆转超级变种人变异的效果。
没过多久，一道蓝色的电光击打在机场的空地上，奈特带着一位学院派出的代表传送到了机场。
“欢迎回来，看样子学院这边应该没问题了？”
“尚恩的病情加重了，所以他召开了一次董事会，将他的职权移交到了我这。”奈特苦笑一声，然后又介绍起身边这位学院代表，“这位是合成人回收部新接任的雅兰娜博士。”
说到合成人回收部门，同麦克森长老一同到场的戴瑟蒙娜皱了皱眉，“这个部门还没有取消吗？”
“你好，你应该就是铁路组织的首领，戴瑟蒙娜女士吧？虽然贵组织对学院之前的工作带来了很大的困扰，好在学院现在支持合成人有灵魂的人现在占据了多数，所以我们回收部将进行和你们类似的工作，在他们自愿的前提下，拆除脑控元件以及重新编制记忆，相信我们寻找流落在外的合成人的效率还是高过你们的。”雅兰娜博士的脾气显然很好，很耐心地向戴瑟蒙娜解释自己接手合成人回收部的后续工作。
戴瑟蒙娜冷哼一声，并未多做评价。
说到这段时间学院内部的变化，奈特讲起当尚恩抱病召开董事会，决定由奈特接任学院主管职位时，前任合成人回收部的临时部长贾斯丁是当时反对最强烈的一个，并且他在事后还想要利用回收部远超其他部门的职权强行质疑奈特的地位并想方设法赶走奈特。
不过接下来的事情就戏剧化的多了，那位长期以来配合铁路组织将想要离开学院的合成人一批又一批送出去的“爱国者”黎安成功黑入了贾斯丁的终端电脑，将半真半假的关于贾斯丁在任期间滥用职权侵犯其他科学家的成果以及不顾后果私自在地面进行大量危害学院利益的行动之类的事情给曝光出来，原本就对合成人回收部感到不满的其他部长二话不说，联合将其免职，然后由更善于交际且处事态度较为稳妥的雅兰娜接任。
再之后，生化研究所麦斯罗肯博士以及劳伦斯博士占领生命科学系统，切断食物补给，以此抗议奈特成为学院继承人，不过被奈特以其出色的人格魅力说服两人放弃这一行为，此事终了后学院所有人都对奈特的领导能力不再质疑，至此，学院中改革的几个最大阻碍都已解决，很快奈特便开始着手起了对学院内部的工作的重新调整。
当然，学院各大部门的科学家们毕竟也有着身为科研人员的傲气，长久以来没有外部约束的他们也不可能随随便便就愿意将自己的研究成果交给原本准备攻击他们的钢铁兄弟会，所以为了争取更大的自主权，作为代表的雅兰娜博士与奈特一起来到了这里。
“看样子我没有来晚？”就在三大势力的首领加上包括张霖、迪耿等几人在房间里开始准备细化讨论之后工作的时候，带着牛仔帽的黑人大叔普雷斯顿敲了敲门，走了进来，“喔，这里简直太美了，我真想能每天睡在这样的房子里。”
其他几人听到黑人大叔的评价也下意识地点了点头，看来张霖这随意搭建的房子还是挺不错的。
张霖看着站在门口边用力搓了搓靴子上沾着的泥土，然后施施然走进房间的黑人大叔，嘴角一勾，说道：“喂，大叔，你怎么有时间来这里，没去帮隔壁村通马桶？”
“额，张先生你是不是对我们义勇兵的工作有什么误会？”普雷斯顿尴尬地笑了笑，“虽然重新组建的义勇兵现在人手还很不足，但是我可以带着弟兄穿越战火，在逆境中保护战地，我们义勇兵永远站在拯救联邦居民的第一线，所以也让我们贡献一份力量！”
后面这句话说得十分慷慨激昂，好像普雷斯顿已经带着大军整装待发了一样。
“好吧，好吧，你就是想来露个脸吧，就你们现在这点火力，跟着一边打打酱油就好了。”没有别人帮忙，张霖真不相信普雷斯顿能重新拉起多少力量。
“欢迎你的加入，普雷斯顿将军。”麦克森长老站了起来，他不像张霖没怎么关注这段时间的废土形势，普雷斯顿还真就靠自己那仅剩的班底重新拉起了一堆聚落的支持，现在义勇兵在平民间的名声还是挺响的有了他们加入，平民们对新联邦的诞生，产生的抵触心理也会小上许多。
“不，我现在还不够资格担任义勇兵的将军，我还需要作出更多努力！”
这死脑筋，你不当这将军你还真想忽悠谁来当？
“好了，继续会议吧，明天我们就要正式开始清理联邦的那些垃圾们了，最好今晚将章程给定下来！”
想法是挺好，不过一堆人扯皮了一晚上都没讨论出个大家满意的结果。46