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俗话说，宁肯给聪明人提鞋，也不与愚笨者交友。对于这句话，日本可谓理解深刻，无论是千百年来对中国优秀文化的汲取，还是明治维新以后的一切向西看，都是对这一俗语的最佳注解。因此，对于现代日本来说，与其看作东洋一枝花，不如将其视作中西文化的最佳结合体更为确切。对于这一结合，中国和荷兰的先民看得最为透彻。
1603年，德川家康在江户设立幕府。随着幕府统治的巩固，多年不见的和平气象逐渐显现，与这一气象相适应的是文化的大发展。这一时期，先进的中华文明又出现了向日本传播的高潮，形成了汉学兴盛的景象。当时在日本，影响最大的汉学流派是朱子学和阳明学。
朱子学最初是被禅宗和尚当成自我修为的学问传入日本的。朱子学的理论侧重于伦理道德的“大义名分”，即人各有尊卑等序，世间一切以此为运行基础，不可更改变动。君臣父子人人都要遵循这一原则。
其学说其实就是对日本当时泾渭分明的等级制度的肯定，宣扬统治阶级权力至高无上，百姓要安心于自己所处的地位，不得反抗，以下犯上。这一思想非常符合刚刚建立起统治的德川幕府的政治需要，因此朱子学很快被统治阶级接受并得到重视。
德川幕府初期，朱子学的代表人物为藤原惺窝与林罗山师徒二人。藤原惺窝原为禅僧，后还俗专心研究朱子学，并以朱子学理论批判自己曾经皈依的禅宗，试图为朱子学在日本思想领域争得一席之地。其所著的《假名性理》、《四书五经倭训》，是最早用日文撰写的宣扬朱子学的书籍。
然而藤原惺窝的努力并没有结出丰硕的果实，他将所有希望寄托在了自己的得意门生，被称为“五大天王”之首的林罗山身上。罗林山1582年出生于京都，本名信胜，号罗山。德川幕府建立后的第三年，藤原惺窝将罗林山推荐给德川家康，以23岁的年轻少年身份，成为德川幕府的重要政治和思想顾问。
林罗山没有辜负师父的厚望，他广招门徒，宣传朱子学说。与此同时，他还积极参与幕府的政治活动，制定法令，用其学说帮助幕府建立起自己的意识形态体系，从而受到幕府的高度信任。在林罗山的努力下，第三代幕府将军德川家光统治时期，幕府将朱子学定为官学，并将其推广到民间，资助林罗山在各地开设专门讲授朱子学的学堂。
随着朱子学在日本取得独尊的地位，各领国的领主也在自己的领地上建立起了教授朱子学的学堂，这些学堂被称为“藩学”，主要招收领主子女及中高层武士。而一些下级武士，为了增加自己的文化修养，也自觉地投入到朱子学学习的行列当中。在这些武士当中，相继产生了影响后世的大学问家。
在朱子学的影响下，日本的文化艺术和自然科学技术得到了进一步的发展，各种新兴的艺术形式在这一时期大量出现，最具代表性的就是“浮世绘”。
“浮世”原是佛语，指人的生死轮回和人世的虚无缥缈，即俗家所说的尘世。而“浮世绘”就是表现这一尘世中人们各种生活风情的绘画。“浮世绘”是江户时代最有特色的绘画，是日本最具民族特色的绘画形式，不仅对日本，对西洋绘画都产生过深刻的影响。
日本阳明学起初的发展由于受到朱子学的压制而没能得到很好的发展，中江藤树的弟子熊泽蕃三虽然竭尽全力将阳明学传播到了上层社会，但也没能改变阳明学被压制的被动局面。直到德川幕府末期，由于“尊王攘夷”运动的兴起，阳明学实践务实的精神鼓舞了当时的倒幕派，由此，阳明学出现了复兴的态势，渐渐取代朱子学，成为当时日本的主流思想。
在日本广兴汉学的同时，由于幕府实行锁国政策，除了中国，唯有荷兰才被允许进行两国贸易。在吸收中华文明的同时，荷兰的自然科学和文化艺术也顺理成章地成了日本学习的对象。1720年，幕府第八代将军德川吉宗放宽了对外国书籍的限制，允许引入非宗教类的外国书籍，尤其是荷兰书，并命人将这些书翻译成日文。在这些书籍当中，介绍自然科学的书籍占了绝大部分。里面记载了欧洲的最新事物，如显微镜、热气球，及有关新近地理知识等等，日本人开始热衷于西方的科学文化知识，称之为“兰学”。
“兰学”的翻译和传播促进了日本近代自然科学的发展，以西方理论知识为研究方法成为时尚。1750年，幕府医官野吕元丈写成了12卷本的《荷兰本草和解》；1754年，被后人称为“日本试验医学先驱”的山胁东洋通过人体解剖，推翻了旧有的理论，并写出了《脏志》一书。
在天文和地理学方面，由于“兰学”的影响，日本学者也取得丰硕的研究成果。1774年，长崎的本木良永完成《天地二球用法》一书，详细介绍了哥白尼的地动说；1812年，伊能忠敬用测量器费时20年测绘出《大日本沿海舆地全图》，其水平与现代相差无几。
除了在中上层人士中传播外，“兰学”对日本民间的影响也是巨大的。1789年，教授“兰学”的学堂“芝兰堂”在江户创立。随后，类似性质的民间私塾在全国各地遍地开花。
1838年，著名兰学家绪方洪庵在大阪开设传授兰学的学堂，名为“适斋”，培养了众多的人才，如福泽谕言、桥本佐内、大村益次郎、吉田松阴、高杉晋作、木户孝允、伊藤博文等。这些人才在幕府末期成为倒幕维新的中坚力量，推动了日本近代化的进程。